La Saga Headhunter cuenta la historia de Wolf, el protagonista de esta historia, convertido en huérfano durante un ataque del Covenant Tormenta en Casiopea, fue salvado por los Elohims y llevado al Mundo Escudo Eclipson donde se le infusionó con ADN Elohim y fue criado para ser un guerrero. Una vez alcanzó la edad adulta se unió a la UNSC para luego abandonarla y convertirse en un cazarrecompensas dedicándose a proteger la galaxia de cualquier amenaza aunque le cueste su vida.
La Estación Loviatar es atacada por los Simbiontes, robando muestras de una especie desconocida llamada Metroid. El Covenant llevó a estas criaturas a su fortaleza en el Mundo Escudo Eclipson donde lograron multiplicarlos al exponerlos a rayos beta. Wolf, un cazarrecompensas, es contratado por la UNSC para eliminar a los Metroid y destruir al Cerebro Principal.
Después de que los Laboratorios Tourian fueran destruidos, junto con los planes de los Simbiontes de usar a los Metroid como armas biológicas, la UNSC envía distintos equipos al Planeta-X. Luego de que ninguno regresara con vida, se decide enviar a Wolf para exterminar a los últimos Metroid existentes.
Luego de la Exterminación Metroid, Wolf lleva a la última cría de estos a la Estación Omega con la esperanza de que tuvieran algún beneficio para la humanidad. Sin embargo, los Simbiontes regresan de las sombras y capturan a la cría para llevarla a Eclipson con el fin de clonarlo y armar un ejército invencible. Wolf, una vez más, parte a su último hogar para detener a los Simbiontes de forma definitiva.
En una misión de exploración en el Planeta-X, Wolf es infectado por el Parásito-X. El cazarrecompensas estaba al borde la muerte cuando a los científicos de la UNSC Voyager emplean un suero Metroid para salvarlo, alterando igualmente su ADN y aspecto físico, perdiendo así varias de sus habilidades.
Antes de seguir con sus viajes, Wolf es informado que una misteriosa explosión dejó incomunicada a la Estación Naraka, partiendo inmediatamente a enfrentar una nueva amenaza.
La destrucción de la Estación Naraka ocasionó que Wolf fuera arrestado y llevado a juicio. En ese momento, la UNSC Voyager es atacada, permitiendo al cazarrecompensas escapar y seguir con su propio objetivo. Como respuesta, la UNSC encarga al Equipo Épsilon cazar a Wolf.
Rym es una joven Elohim preocupada por sus extraños poderes. Un día es atacada repentinamente por un grupo de asesinos pero es salvada por Markab, un Guerrero-Servidor. A través del atentado, Rym decide ir al Santuario con Markab y sus amigos para descubrir la verdad acerca de la Bibliotecaria.
Tras la destrucción del Mundo Escudo Eclipson, el UNSC comienza una operación de exploración en el desconocido Sistema Kerkyra. Una vez ahí, detectaron una señal de interferencia que causaba problemas, por lo que se envía al Equipo Épsilon a investigar la causa, descubriendo que unos antiguos enemigos eran los culpables.
Es el año 2525. La disputa entre el UNSC y la Insurrección fue opacada por la declaración de guerra de un colectivo alienígena llamado el Covenant. La escala tecnológica y de poder del pacto enemigo ha puesto en marcha a la Oficina de Inteligencia Naval, proponiendo un proyecto ultrasecreto que podría ser lo que defina el destino de la humanidad.
Cinco años después del estallido de la Gran Guerra, la humanidad ha retrocedido debido al implacable poder del pacto del Covenant. La campaña genocida y la búsqueda de reliquias convergió en Serket, un refugio temporal para quienes pretendían huir de la extinción, acelerando el despegue de las Naves Colonizadoras y una masiva evacuación que recae en los Spartan asegurar que sea exitosa.
Una de las últimas misiones de Wolf antes de salir de la UNSC. Su objetivo es infiltrarse en Bapreon, una colonia exterior, y capturar a Gilbert Pendleton, un líder del Frente Rebelde Unido.
Después de traicionar al Equipo Épsilon, Gilbert Pendleton robó un crucero y una Armadura Prototipo con la cual pretende negociar un acuerdo con el Covenant Tormenta. Épsilon-6 persigue al insurreccionista para rescatar a sus compañeros y ponerle fin a su plan.
El Camino Adelante
La secuencia de activación de la Instalación 09 se ha detenido satisfactoriamente y una reacción defensiva tumbó a la superficie del Mundo Anillo las flotas del UNSC y del Covenant Tormenta. El Equipo Épsilon se encuentra incomunicado y con ayuda descubre que el UNSC Voyager se encuentra en estado crítico, siendo su última alternativa el escapar con vida de la detonación de sus motores.
